Manipulation de données bibliométrique via {managHAL}

Martin AMIENS

MIA - Paris-Saclay

2024-04-07

Martin AMIENS

  • Stagiaire au sein de l’unité MIA - Paris-Saclay.
  • Etudiant en première année du master Bio-Informatique et Bio-Statistiques à Paris-Saclay.
  • Tuteurs : Julie AUBERT, Pierre BARBILLON

Contexte

  • DRIT : Direction des Recherches et de l’Innovation Technologique
  • Sciences Ouvertes : “est la diffusion sans entrave des publications et des données de la recherche.” (Webmestre,2021)
  • HAL : Hyper Articles en Ligne

Crédit : CCSDForge

::::

Objectifs du stage

  • Accessibilité et généricité de {managHAL}
  • Ajout de fonctionnalité à {managHAL}

Accessibilité et généricité de {managHAL}

Parler API hal, de son fonctionnement, etc(inclure le site API HAL)

Accessibilité et généricité de {managHAL}

fair un tibble des resultats obtenus avec quelques fonctions présentes dans le package (parler vite fait de pourquoi c’est générique (identifiant structure))

  civilite       nom prenom statut  rattachement debut_contrat fin_contrat
1       M. ADJAKOSSA   Éric    CEC AgroParisTech                          
6      Mme    AUBERT  Julie     IR         INRAE                          
8       M. BARBILLON Pierre     PR AgroParisTech                          
  financement  equipe  unite               orcid  idhal
1             SOLsTIS MIA PS 0000-0002-5280-0347 749339
6             SOLsTIS MIA PS 0000-0001-5203-5748  15356
8             SOLsTIS MIA PS 0000-0002-7766-7693  16750
                       adresse_mail
1   eric-houngla.adjakossa@inrae.fr
6             julie.aubert@inrae.fr
8 Pierre.Barbillon@Agroparistech.fr
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1 Isabelle Lebert, Maxime Rates, Julien Pradel, Laure Mathews-Martin, Aurore Latour, et al.. Evaluation du risque d’exposition aux tiques et aux agents de la maladie de Lyme dans les espaces verts de la région lyonnaise : résultats de la surveillance 2019-2023. Colloque final de restitution du projet Biodiversa-Bioroddi, Nov 2023, Lyon (Sciences Po), France. ⟨hal-04440523⟩
                                                                                      citationRef_s
1 Colloque final de restitution du projet Biodiversa-Bioroddi, Nov 2023, Lyon (Sciences Po), France
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1 Baptiste Rouger, Isabelle Goldringer, Pierre M Barbillon, Anne Miramon, Abdel Kader Naino Jika, et al.. Sensitivity analysis of a crop metapopulation model. Ecological Modelling, 2023, 475, pp.110174. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2022.110174⟩. ⟨hal-03887218⟩
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1 Ecological Modelling, 2023, 475, pp.110174. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2022.110174⟩
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Réseaux et modèle de graphe aléatoire

Expliquer tres brievement un reseau, montrer quelque exemples rapidement, puis fair eun parallèle vers la présentation de louis qui arrive apres. ::: {.notes} Un réseau d’interaction est constitué de nœuds (les entités) et d’arêtes (les liens entre ces entités). Dans le cadre du package {managHAl}, j’utiliserai les réseaux pour modéliser un réseau de co-publications (ou co-auteurs). Les noeuds représenteront des auteurs, et les arêtes entre ces noeuds (auteurs) seront l’existence de publications scientifiques co-écrite par les deux noeuds. La taille d’un nœud représentera le nombre de publications écrites par cet auteur (noeud) et la largeur d’une arête pourra correspondre au nombre de publications co-ecrites par les deux noeuds (co-auteurs). Les réseaux ne sont cependant pas exclusifs à l’analyse de données bibliométriques. En effet, les réseaux sont utilisés comme représentation et comme objet d’analyse statistique dans de nombreux domaines. Par exemple, des réseaux de régulations de gènes sont réalisés à partir de données de co-expression. Il est possible de donner d’autres exemples comme les analyses de réseaux d’interactions entre des espèces (réseau trophique) réalisées en écologie :::

Je veux faire une courte présentation des réseaux, et des modèles possible à partir de ces réseaux pour réaliser de l’analyse statistique de réseaux.

peut etre mettre des exemples de réseaux classiques genre trophique, … etc

# Création d'un réseau unipartite
set.seed(42) # Pour la reproductibilité 
unipartite <- erdos.renyi.game(10, 0.3)
unipartite_graph <- plot(unipartite, main = "Réseau Unipartite")

Réseaux et modèle de graphe aléatoire

Ajout de fonctionnalité à {managHAL}

montrer la construction d’un réseau à partir des données (mettre l’interactif, le grand et le petit l’un après l’autre)

Ajout de fonctionnalité à {managHAL}

dire qu’il est possible de réaliser des modèles à partir de ces données (sans expliquer), juste une phrase sur on regroupe les noeuds par profils de connexion similaire. Montrer les deux graphes obtenus avec couleur via sbm.

Discussion, Perspectives et avenir du package

parler des limitations vu par rapport aux quatres graphes précédents, comment je peux les régler (analyses sur composantes connexe), parler du développement du package et de ce qui sera disponible, la finalité du stage.

Merci de m’avoir écouté

Questions ?

Méthodes informatiques

ne faire que si j’ai le temps, les mettres dans les diapos de questions possible ? parler version Rstudio, package utilisés, explication de …

quelles sont les questions qui peuvent venir au cours de ma présentation,

quelles sont les choses dont je n’ai pas parlé au cours de ma présentation,

sources

https://www.ouvrirlascience.fr/plan-national-pour-la-science-ouverte/