civilite nom prenom statut rattachement debut_contrat fin_contrat
1 M. ADJAKOSSA Éric CEC AgroParisTech
6 Mme AUBERT Julie IR INRAE
8 M. BARBILLON Pierre PR AgroParisTech
financement equipe unite orcid idhal
1 SOLsTIS MIA PS 0000-0002-5280-0347 749339
6 SOLsTIS MIA PS 0000-0001-5203-5748 15356
8 SOLsTIS MIA PS 0000-0002-7766-7693 16750
adresse_mail
1 eric-houngla.adjakossa@inrae.fr
6 julie.aubert@inrae.fr
8 Pierre.Barbillon@Agroparistech.frManipulation de données bibliométrique via {managHAL}
Martin AMIENS
MIA - Paris-Saclay
2024-04-07
Martin AMIENS
- Stagiaire au sein de l’unité MIA - Paris-Saclay.
- Etudiant en première année du master Bio-Informatique et Bio-Statistiques à Paris-Saclay.
- Tuteurs : Julie AUBERT, Pierre BARBILLON
Contexte
- DRIT : Direction des Recherches et de l’Innovation Technologique
- Sciences Ouvertes : “est la diffusion sans entrave des publications et des données de la recherche.” (Webmestre,2021)
- HAL : Hyper Articles en Ligne
::::
Objectifs du stage
- Accessibilité et généricité de {managHAL}
- Ajout de fonctionnalité à {managHAL}
Accessibilité et généricité de {managHAL}
Parler API hal, de son fonctionnement, etc(inclure le site API HAL)
Accessibilité et généricité de {managHAL}
fair un tibble des resultats obtenus avec quelques fonctions présentes dans le package (parler vite fait de pourquoi c’est générique (identifiant structure))
docid halId_s version_i docType_s
1 4440523 hal-04440523 1 COMM
citationFull_s
1 Isabelle Lebert, Maxime Rates, Julien Pradel, Laure Mathews-Martin, Aurore Latour, et al.. Evaluation du risque d’exposition aux tiques et aux agents de la maladie de Lyme dans les espaces verts de la région lyonnaise : résultats de la surveillance 2019-2023. Colloque final de restitution du projet Biodiversa-Bioroddi, Nov 2023, Lyon (Sciences Po), France. ⟨hal-04440523⟩
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1 Colloque final de restitution du projet Biodiversa-Bioroddi, Nov 2023, Lyon (Sciences Po), France
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1 L_AlphaSep_1002382_FacetSep_Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques_JoinSep_isabelle-lebert_FacetSep_184610_FacetSep_Lebert Isabelle,L_AlphaSep_301767_FacetSep_VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation\\, santé animale\\, sciences agronomiques et de l'environnement_JoinSep_isabelle-lebert_FacetSep_184610_FacetSep_Lebert Isabelle,L_AlphaSep_577435_FacetSep_Institut National de Recherche pour l’Agriculture\\, l’Alimentation et l’Environnement_JoinSep_isabelle-lebert_FacetSep_184610_FacetSep_Lebert Isabelle,R_AlphaSep_1002382_FacetSep_Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques_JoinSep_maxime-rates_FacetSep_749136_FacetSep_Rates Maxime,R_AlphaSep_301767_FacetSep_VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation\\, santé animale\\, sciences agronomiques et de l'environnement_JoinSep_maxime-rates_FacetSep_749136_FacetSep_Rates Maxime,R_AlphaSep_577435_FacetSep_Institut National de Recherche pour l’Agriculture\\, l’Alimentation et l’Environnement_JoinSep_maxime-rates_FacetSep_749136_FacetSep_Rates Maxime,P_AlphaSep_1100832_FacetSep_Centre de Biologie pour la Gestion des Populations_JoinSep__FacetSep_1284695_FacetSep_Pradel Julien,P_AlphaSep_11574_FacetSep_Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement_JoinSep__FacetSep_1284695_FacetSep_Pradel Julien,P_AlphaSep_451860_FacetSep_Institut de Recherche pour le Développement_JoinSep__FacetSep_1284695_FacetSep_Pradel Julien,P_AlphaSep_577435_FacetSep_Institut National de Recherche pour l’Agriculture\\, l’Alimentation et l’Environnement_JoinSep__FacetSep_1284695_FacetSep_Pradel Julien,P_AlphaSep_1096330_FacetSep_Institut Agro Montpellier_JoinSep__FacetSep_1284695_FacetSep_Pradel Julien,P_AlphaSep_1042499_FacetSep_Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture\\, l'alimentation et l'environnement_JoinSep__FacetSep_1284695_FacetSep_Pradel Julien,P_AlphaSep_1100589_FacetSep_Université de Montpellier_JoinSep__FacetSep_1284695_FacetSep_Pradel Julien,M_AlphaSep_561191_FacetSep_Laboratoire de la rage et de la faune sauvage de Nancy_JoinSep__FacetSep_1310514_FacetSep_Mathews-Martin Laure,M_AlphaSep_301715_FacetSep_Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation\\, de l'environnement et du travail_JoinSep__FacetSep_1310514_FacetSep_Mathews-Martin Laure,L_AlphaSep_1002382_FacetSep_Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques_JoinSep__FacetSep_0_FacetSep_Latour Aurore,L_AlphaSep_301767_FacetSep_VetAgro Sup - 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Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation\\, santé animale\\, sciences agronomiques et de l'environnement_JoinSep_magalie-rene-martellet_FacetSep_744046_FacetSep_René-Martellet Magalie,R_AlphaSep_577435_FacetSep_Institut National de Recherche pour l’Agriculture\\, l’Alimentation et l’Environnement_JoinSep_magalie-rene-martellet_FacetSep_744046_FacetSep_René-Martellet Magalie docid halId_s version_i docType_s
1 3887218 hal-03887218 1 ART
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1 Baptiste Rouger, Isabelle Goldringer, Pierre M Barbillon, Anne Miramon, Abdel Kader Naino Jika, et al.. Sensitivity analysis of a crop metapopulation model. Ecological Modelling, 2023, 475, pp.110174. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2022.110174⟩. ⟨hal-03887218⟩
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Expliquer tres brievement un reseau, montrer quelque exemples rapidement, puis fair eun parallèle vers la présentation de louis qui arrive apres. ::: {.notes} Un réseau d’interaction est constitué de nœuds (les entités) et d’arêtes (les liens entre ces entités). Dans le cadre du package {managHAl}, j’utiliserai les réseaux pour modéliser un réseau de co-publications (ou co-auteurs). Les noeuds représenteront des auteurs, et les arêtes entre ces noeuds (auteurs) seront l’existence de publications scientifiques co-écrite par les deux noeuds. La taille d’un nœud représentera le nombre de publications écrites par cet auteur (noeud) et la largeur d’une arête pourra correspondre au nombre de publications co-ecrites par les deux noeuds (co-auteurs). Les réseaux ne sont cependant pas exclusifs à l’analyse de données bibliométriques. En effet, les réseaux sont utilisés comme représentation et comme objet d’analyse statistique dans de nombreux domaines. Par exemple, des réseaux de régulations de gènes sont réalisés à partir de données de co-expression. Il est possible de donner d’autres exemples comme les analyses de réseaux d’interactions entre des espèces (réseau trophique) réalisées en écologie :::
Je veux faire une courte présentation des réseaux, et des modèles possible à partir de ces réseaux pour réaliser de l’analyse statistique de réseaux.
peut etre mettre des exemples de réseaux classiques genre trophique, … etc
Réseaux et modèle de graphe aléatoire
Ajout de fonctionnalité à {managHAL}
montrer la construction d’un réseau à partir des données (mettre l’interactif, le grand et le petit l’un après l’autre)
Ajout de fonctionnalité à {managHAL}
dire qu’il est possible de réaliser des modèles à partir de ces données (sans expliquer), juste une phrase sur on regroupe les noeuds par profils de connexion similaire. Montrer les deux graphes obtenus avec couleur via sbm.
Discussion, Perspectives et avenir du package
parler des limitations vu par rapport aux quatres graphes précédents, comment je peux les régler (analyses sur composantes connexe), parler du développement du package et de ce qui sera disponible, la finalité du stage.
Merci de m’avoir écouté
Questions ?
Méthodes informatiques
ne faire que si j’ai le temps, les mettres dans les diapos de questions possible ? parler version Rstudio, package utilisés, explication de …
quelles sont les questions qui peuvent venir au cours de ma présentation,
quelles sont les choses dont je n’ai pas parlé au cours de ma présentation,
sources
https://www.ouvrirlascience.fr/plan-national-pour-la-science-ouverte/